Muzyk kameralista i pedagog. Należy do pierwszego pokolenia polskich muzyków zajmującego się grą na instrumentach historycznych. Absolwent Akademii Muzycznej w Katowicach w klasie Mieczysława Korcza. Po uzyskaniu tytułu magistra kontynuował naukę u Williama VerMeulena w Houston.
W ostatnich sezonach współpracował z czołowymi zespołami muzyki dawnej, w tym Helsinki Baroque Orchestra, Den Jyske Sinfonietta, Finnish Baroque Orchestra, Enghave Barok, Wrocławska Orkiestra Barokowa, Esterházy Hofkapelle, Capella Savaria, Arte dei Suonatori. Występował pod batutami takich mistrzów jak Christopher Hogwood, Philippe Herreweghe, Paul McCreesh, Paul Goodwin, Marc Minkowski czy Enrico Onofri.
Oprócz aktywności związanej z grą na instrumentach historycznych, koncertuje i prowadzi działalność pedagogiczną na waltorni współczesnej. Wielokrotnie występował z World Orchestra for Peace, Filharmonią Narodową i Sinfonią Varsovią.
Jest pomysłodawcą i organizatorem warsztatów waltorniowych Rogowisko. Jest również adiunktem prowadząc klasę waltorni w Akademii Muzycznej w Poznaniu.
Krzysztof Stencel od roku 2017 jest muzykiem Sinfonii Varsovii.
